DNA & RNA Element - microRNA Mirbase Acc miRNA Name Gene ID Gene Symbol miRNA Alignment Alignment Gene Alignment miRNA Start miRNA End Gene Start Gene End Genome Coordinates Conservation Align Score Seed Cat Energy mirSVR Score MIMAT0000343 dme-miR-280 42821 Pli auaguaaagUAU-ACGUUGCAUUUAUGu ||| | || ||||||| aacaacaaaAUAGUUCAUAAUAAAUACa 2 19 1158 1185 [dm3:3R:19685916-19685943:-] 0.5634 149 7 -8.87 -1.3049 MIMAT0000388 dme-miR-303 42821 Pli ugguCAAAGGACACUUUGGAUUu || :| || :||||||| aaauGUAAUC-GUUGAACCUAAu 2 20 576 597 [dm3:3R:19686504-19686525:-] 0.4790 149 7 -11.97 -0.6327 MIMAT0000388 dme-miR-303 42821 Pli ugGUCA-AAGGACACUUUGGAUUu :||| || | :||||||| uuUAGUGAUCGAGGAGAACCUAAc 2 22 711 734 [dm3:3R:19686367-19686390:-] 0.4790 148 7 -14.08 -0.3047 MIMAT0005464 dme-miR-iab-4as-3p 42821 Pli auUUGCAU-AUGACUUACAUAGg ||:| | || |||||||: uuAAUGGAUUAACAAAUGUAUUu 2 21 9 31 [dm3:3R:19687070-19687092:-] 0.6147 139 0 -9.56 -0.2172 MIMAT0005488 dme-miR-972 42821 Pli cggauUUAUAAGCAUAAC-AUGu | |||||| |||| ||| uuugcAUUAUUCG-AUUGCUACu 2 18 237 258 [dm3:3R:19686843-19686864:-] 0.4999 127 0 -11.50 -0.9153 MIMAT0005499 dme-miR-983 42821 Pli agUAAU-CAAGCUUUGCAUAAUa |||| | |: | ::|||||| acAUUACGAUU-AUGUGUAUUAu 2 21 1047 1068 [dm3:3R:19686033-19686054:-] 0.5891 137 6 -13.44 -0.1025 MIMAT0005502 dme-miR-985 42821 Pli acgggcUGGUAA--CCUUGUAAAc |:|||| ||||||| uuuauuAUCAUUAAUUAACAUUUa 2 17 101 124 [dm3:3R:19686977-19687000:-] 0.6147 147 7 -7.43 -1.2402 MIMAT0011784 dme-miR-2279* 42821 Pli uuaaaguGUGUGUCUAUAAAUu | || | ||||||| uguaaauCCCAGAUAUAUUUAu 2 16 518 539 [dm3:3R:19686562-19686583:-] 0.4790 151 7 -5.90 -0.8075 MIMAT0011787 dme-miR-2280* 42821 Pli agucaaucgaaccUUCAUUUAa |||||||| aaauaauaaugaaAAGUAAAUa 2 10 799 820 [dm3:3R:19686281-19686302:-] 0.4849 145 7 -5.24 -1.2155 MIMAT0011791 dme-miR-2283 42821 Pli uaacAGCAUAAGUACU-AUAAAAg |: |:| :|| | |||||| acgaUUAUGUGUAUUAUUAUUUUg 2 20 1052 1075 [dm3:3R:19686026-19686049:-] 0.5803 123 6 -6.77 -0.9545 MIMAT0012196 dme-miR-2489 42821 Pli ugACGUUUAUGUUGUAUGUUau | || | |:|| |||||| agUUCAUA-AUAA-AUACAAaa 3 21 1169 1188 [dm3:3R:19685913-19685932:-] 0.5721 132 0 -7.13 -0.2856 MIMAT0012199 dme-miR-2492 42821 Pli aaacuuucgagagcUGUUUUGUa |||||||| auugcaaaacaaaaACAAAACAa 2 10 1140 1162 [dm3:3R:19685939-19685961:-] 0.5634 145 7 -7.42 -1.2872 MIMAT0012199 dme-miR-2492 42821 Pli aaACUUUCGAGAGCUGUUUUGUa | | | | :| :||||||| aaUCACAACAUU--GCAAAACAa 2 22 1131 1151 [dm3:3R:19685950-19685970:-] 0.5547 142 7 -7.73 -1.0733 MIMAT0012208 dme-miR-2497* 42821 Pli uuguUGAU-GUAAAACGUUACG-AAUg |:|| :||||||: |||| ||| guguAUUAUUAUUUUGU-AUGCAUUAa 2 22 1060 1085 [dm3:3R:19686016-19686041:-] 0.5803 134 0 -12.38 -1.1157 MIMAT0012209 dme-miR-2497 42821 Pli gacGUUUGUAACAUUUACAACa :|| :: | |||||||| auuUAAUUGAAGAAAAUGUUGu 2 20 188 209 [dm3:3R:19686892-19686913:-] 0.4999 151 7 -10.40 -0.9680 MIMAT0012215 dme-miR-2500 42821 Pli gacuccagGUGUGUGUUUUAgg :| |:||||||| guucauaaUAAAUACAAAAUgu 3 15 1170 1191 [dm3:3R:19685910-19685931:-] 0.5721 134 0 -11.49 -0.2731 MIMAT0012215 dme-miR-2500 42821 Pli gacuccaggUGUGUGUUUUAgg ||| ||||||| aaaaacaaaACA-ACAAAAUag 3 14 1150 1170 [dm3:3R:19685931-19685951:-] 0.5634 131 0 -7.13 -0.1688 MIMAT0012216 dme-miR-2501 42821 Pli aaucggguccgUGAGGUUUGAAug | | |||||| acaaaauguaaAAUAAAAACUUuc 3 14 1183 1206 [dm3:3R:19685895-19685918:-] 0.5721 121 0 -5.80 -0.1373 MIMAT0000109 dme-miR-4 42821 Pli aguuaccaacaGA-UCGAAAUa || :|||||| aggcauuaaaaCUAGGCUUUAu 2 11 80 101 [dm3:3R:19687000-19687021:-] 0.6147 125 6 -9.47 -0.1586 MIMAT0000319 dme-miR-263a 42821 Pli caCUUAAGAAGGUCACGGUAAUUg |: ||: |::| | :|||||| uaGGCUUUAUUUAUUAUCAUUAAu 2 23 92 115 [dm3:3R:19686986-19687009:-] 0.6147 146 6 -7.91 -0.2030 MIMAT0000319 dme-miR-263a 42821 Pli cacuUAAGAAGGUCACGGUAAUUg ||| ||::: |||||| uauuAUUAUUUUGUAUGCAUUAAa 2 21 1063 1086 [dm3:3R:19686015-19686038:-] 0.5803 124 6 -7.12 -0.1129 MIMAT0000332 dme-miR-274 42821 Pli uaaugggcaaucacagccAGUGUUuu |||||| uugcgguguguuaacaaaUCACAAca 3 9 1115 1140 [dm3:3R:19685961-19685986:-] 0.5547 120 0 -11.83 -0.1050 MIMAT0000338 dme-miR-277 42821 Pli acagcAUGGUCUAUCACGUAAau ||:: :|| |||||| auuauUAUUUUGUA-UGCAUUaa 3 19 1064 1085 [dm3:3R:19686016-19686037:-] 0.5803 128 0 -5.80 -0.1134 MIMAT0000346 dme-miR-282 42821 Pli ugUCUGUU-UCGGAUCAUCUCCGAUCUAa | ::|: ||| || | |||||||| guAUGUAGCAGCAUACAAACGGCUAGAUc 2 27 910 938 [dm3:3R:19686163-19686191:-] 0.4849 161 7 -17.42 -0.2491 MIMAT0000409 dme-miR-317 42821 Pli ugaccUAUG-GUGGUCGACACAAGu | || ||:: | ||||||| gcauuAAACACAUUUG-UGUGUUCa 2 20 1079 1102 [dm3:3R:19685999-19686022:-] 0.5675 148 7 -17.76 -0.6786 MIMAT0005463 dme-miR-iab-4as-5p 42821 Pli gccAUAUGGAAGUCAUAUGCAUu | |::| || ||||||| aacUCUGUCAACA-AAUACGUAu 2 21 856 877 [dm3:3R:19686224-19686245:-] 0.4849 146 7 -10.10 -0.8841 MIMAT0005466 dme-miR-955 42821 Pli cugUGAGUU--UGGAGACGU-GCUAc ::|:|| |: |||||| |||| uagGUUUAAAUAUAUCUGCAGCGAUc 2 21 943 968 [dm3:3R:19686133-19686158:-] 0.4849 127 0 -18.10 -0.6373 MIMAT0005476 dme-miR-962 42821 Pli cugucgUAGUUAAAGAGAUGGAAUa :|:||| | | |||||| aaguuaGUUAAUAU-UACACCUUAu 2 20 1017 1040 [dm3:3R:19686061-19686084:-] 0.5978 125 6 -10.76 -0.2964 MIMAT0005478 dme-miR-964 42821 Pli uuCAAUUCGAGGGGAUAAGAUu || ||| | :||||||| ugGUAAAG---CAUUAUUCUAa 2 21 775 793 [dm3:3R:19686308-19686326:-] 0.4820 148 7 -13.95 -1.1891 MIMAT0005501 dme-miR-927 42821 Pli ccAUUUCGCAUCCUUAAGAUUu |||||| | ||||||| ggUAAAGCAU---UAUUCUAAa 2 21 776 794 [dm3:3R:19686307-19686325:-] 0.4820 152 7 -16.62 -1.2176 MIMAT0005507 dme-miR-137 42821 Pli gaugcacaUAAGAGUUCGUUAu | |:|| |||||| aaauaaaaACUUUCUAGCAAUa 2 15 1193 1214 [dm3:3R:19685887-19685908:-] 0.5721 126 6 -9.84 -0.2936 MIMAT0005518 dme-miR-998 42821 Pli cuCGACUUAGAGUACC-ACGAu |:|| :|||| ||| |||| uuGUUGUGUCUC-UGGCUGCUa 2 20 212 232 [dm3:3R:19686869-19686889:-] 0.4999 129 0 -20.86 -0.8778 MIMAT0005519 dme-miR-999 42821 Pli ucUGUGUCA-GAAU--GUCAAUUGu |:||| | || | :||||||: uuAUACAUUACUAAGUUAGUUAAUa 2 21 1005 1029 [dm3:3R:19686072-19686096:-] 0.5414 138 0 -11.68 -0.1543

DNA & RNA Element - RAID2 Gene Name RAID ID Interactor 1 Category 1 ID 1 Interactor 2 Category 2 ID 2 Methods Score Pli RAID00308456 dme-miR-137-3p miRNA MIMAT0005507 Pli mRNA 42821 Prediction 0.2381 Pli RAID01220216 dme-miR-927-5p miRNA MIMAT0005501 Pli mRNA 42821 Prediction 0.2381 Pli RAID01463483 dme-miR-4-3p miRNA MIMAT0000109 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID01514757 dme-miR-274-5p miRNA MIMAT0000332 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID01805066 dme-miR-375-3p miRNA MIMAT0005472 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID01854157 dme-miR-263a-5p miRNA MIMAT0000319 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID01886790 dme-miR-317-3p miRNA MIMAT0000409 Pli mRNA 42821 Prediction 0.2381 Pli RAID02063574 dme-miR-993-3p miRNA MIMAT0005512 Pli mRNA 42821 Prediction 0.2202 Pli RAID02086585 dme-miR-964-5p miRNA MIMAT0005478 Pli mRNA 42821 Prediction 0.2381 Pli RAID02226252 dme-bantam-3p miRNA MIMAT0000365 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID02266094 dme-miR-283-5p miRNA MIMAT0000347 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID02670250 dme-miR-282-5p miRNA MIMAT0000346 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID02844551 dme-miR-277-3p miRNA MIMAT0000338 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID02896213 dme-miR-962-5p miRNA MIMAT0005476 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID02902422 dme-miR-252-5p miRNA MIMAT0005516 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID03037686 dme-miR-985-3p miRNA MIMAT0005502 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID03127231 dme-miR-999-3p miRNA MIMAT0005519 Pli mRNA 42821 Prediction 0.2202 Pli RAID03411434 dme-miR-1007-3p miRNA MIMAT0005020 Pli mRNA 42821 Prediction 0.2202 Pli RAID03547296 dme-miR-998-3p miRNA MIMAT0005518 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID03699373 dme-miR-iab-8-5p miRNA MIMAT0005463 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828 Pli RAID03920534 dme-miR-955-5p miRNA MIMAT0005466 Pli mRNA 42821 Prediction 0.1828