PTM - CPLM Gene Name UniProt ID Type Position Code USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 186 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 811 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 376 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 43 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 167 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 433 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 837 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 545 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 132 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 613 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 414 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 415 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 588 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 120 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 158 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 731 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 232 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 632 K USP4; UNP; UNPH Q13107 Ubiquitination 348 K

PTM - dbPAF Gene Name UniProt ID Position Type Species USP4; UNP; UNPH Q13107 136 Y Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 192 Y Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 196 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 238 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 244 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 250 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 252 Y Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 364 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 445 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 458 T Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 539 Y Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 595 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 598 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 628 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 655 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 675 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 677 T Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 680 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 750 Y Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 751 Y Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 756 S Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 759 Y Homo sapiens(Human) USP4; UNP; UNPH Q13107 916 Y Homo sapiens(Human)

PTM - PhosphositePlus UniProt ID MOD_RSD Type SITE_+/-7_AA Q13107 Y136-p Phosphorylation KHCKVEVyLLELKLC Q13107 Y192-p Phosphorylation NkYMSNTyEQLsKLD Q13107 S196-p Phosphorylation SNTyEQLsKLDNTVQ Q13107 S238-p Phosphorylation SKSSTAPsRNFTTsP Q13107 S244-p Phosphorylation PsRNFTTsPKSSAsP Q13107 S250-p Phosphorylation TsPKSSAsPySSVSA Q13107 Y252-p Phosphorylation PKSSAsPySSVSASL Q13107 S364-p Phosphorylation ELIKQMWsGRDAHVA Q13107 S445-p Phosphorylation NHRLRNDsVIVDTFH Q13107 T458-p Phosphorylation FHGLFKStLVCPECA Q13107 Y539-p Phosphorylation NMVVADVyNHRFHKI Q13107 S595-p Phosphorylation KSRPSSTsSAsALYG Q13107 S598-p Phosphorylation PSSTsSAsALYGQPL Q13107 S675-p Phosphorylation EEGKEQLsETEGsGE Q13107 S680-p Phosphorylation QLsETEGsGEDEPGN Q13107 Y750-p Phosphorylation DSETRRLyyDEQEsE Q13107 Y751-p Phosphorylation SETRRLyyDEQEsEA Q13107 S756-p Phosphorylation LyyDEQEsEAyEKHV Q13107 Y759-p Phosphorylation DEQEsEAyEKHVSML Q13107 T775-p Phosphorylation PQKKKKTtVALRDCI Q13107 Y916-p Phosphorylation QIVTKAAyVLFYQRR Q13107 K186-ub Ubiquitination RETRLWNkYMSNTyE Q13107 K348-ub Ubiquitination RDNPLGMkGEIAEAY Q13107 K728-ub Ubiquitination NSLAADGkLLkLNSR Q13107 K731-ub Ubiquitination AADGkLLkLNSRSTL Q13107 K811-ub Ubiquitination KHQQATKkFDLWSLP Q13107 K837-ub Ubiquitination YNRYWRDkLDTVVEF

PTM - dbPTM UniProt ID Position Code Type Resources References Q13107 186 K Ubiquitylation Phosphositeplus.1010730 21890473 Q13107 348 K Ubiquitylation Phosphositeplus.1010730 21906983 Q13107 811 K Ubiquitylation Phosphositeplus.1010730 21890473 Q13107 837 K Ubiquitylation Phosphositeplus.1010730 21906983 Q13107 445 S Phosphorylation Phosphositeplus.1010730 22706160 Q13107 675 S Phosphorylation Phosphositeplus.1010730 22115753 Q13107 680 S Phosphorylation Phosphositeplus.1010730 22115753 Q13107 136 Y Phosphorylation Phosphositeplus.1010730 21406692 Q13107 628 S Phosphorylation HPRD 9.0 19651622 Q13107 675 S Phosphorylation HPRD 9.0 19651622 Q13107 680 S Phosphorylation HPRD 9.0 19651622 Q13107 677 T Phosphorylation HPRD 9.0 19651622

PTM - HPRD Symbol Position Code Type References USP4 628 S Phosphorylation 19651622 USP4 630 T Phosphorylation 19651622 USP4 633 S Phosphorylation 19651622 USP4 675 S Phosphorylation 19651622 USP4 677 T Phosphorylation 19651622 USP4 680 S Phosphorylation 19651622

PTM - BioGRID Entrez Gene BioGRID ID Position Code Type PMIDs 7375 113221 - K Ubiquitination 22118674 7375 113221 - K Ubiquitination 21139048 7375 113221 - K Ubiquitination 21890473 7375 113221 - K Ubiquitination 21906983 7375 113221 - K Ubiquitination 21963094 7375 113221 - K Ubiquitination 23000965 7375 113221 - K Ubiquitination 24816145

PTM - mUbiSiDa Gene Name Species Ubiquitination Site Ubiquitination Sequence Evidence PMID USP4 Homo sapiens (Human) 186; 790; 764; 301 "186,ETRLWNKYMSNTY; 790,NRYWRDKLDTVVE; 764,HQQATKKFDLWSL; 301,DNPLGMKGEIAEA" 186:21890473; 790:21906983; 764:21890473; 301:21906983 USP4 Homo sapiens (Human) 186; 348; 811 "186,ETRLWNKYMSNTY; 348,DNPLGMKGEIAEA; 811,HQQATKKFDLWSL" 186:21890473; 348:21906983; 811:21890473 USP4 Homo sapiens (Human) 186; 790; 764; 301 "186,ETRLWNKYMSNTY; 790,NRYWRDKLDTVVE; 764,HQQATKKFDLWSL; 301,DNPLGMKGEIAEA" 186:21890473; 790:21906983; 764:21890473; 301:21906983 USP4 Homo sapiens (Human) 186; 837; 348; 811 "186,ETRLWNKYMSNTY; 837,NRYWRDKLDTVVE; 348,DNPLGMKGEIAEA; 811,HQQATKKFDLWSL" 186:21890473; 837:21906983; 348:21906983; 811:21890473 USP4 Homo sapiens (Human) 186 "186,ETRLWNKYMSNTY" 186:21890473 USP4 Homo sapiens (Human) 576; 105 "576,NRYWRDKLDTVVE; 105,DNPLGMKGEIAEA" 576:21906983; 105:21906983 USP4 Homo sapiens (Human) 186; 837; 348; 811 "186,ETRLWNKYMSNTY; 837,NRYWRDKLDTVVE; 348,DNPLGMKGEIAEA; 811,HQQATKKFDLWSL" 186:21890473; 837:21906983; 348:21906983; 811:21890473 USP4 Homo sapiens (Human) 550 "550,HQQATKKFDLWSL" 550:21890473 USP4 Homo sapiens (Human) 186 "186,ETRLWNKYMSNTY" 186:21890473